Т. к. Ubuntu — это кривое поделие, а не дистрибутив, штатная работа L2TP с включенным IPSec там не работает из графического интерфейса. Для того чтобы подключение заработало, необходимо:

1. Перейти в настройки VPN.
2. Создать новое L2TP подключение.
3. Перейти в пункт настройки IPSec.
4. Указать Preshared ключ и нажать на пункт дополнительно.
5. Указать алгоритмы шифрования первой и второй фазы (в случае микрота — это 3des-sha1-modp1024 и 3des-sha1 соответственно).

После этого подключение будет работать.